Содержание

• Обзор программного обеспечения
• Поддерживаемые типы файлов
• Основное расширение файла
• Другие расширения файлов, используемые Integrated Genome Browser 9

Версия (по состоянию на 29.06.2016)	9
платформы
Лицензия	Открытый исходный код
категория	научный

Больше информации (посетите сайт издателя)

Рейтинг: 2.8 / 5 (6 голосов)

Обзор программного обеспечения

Основные характеристики

• Поддерживает различные форматы генома, такие как GenBank и FASTA
• Взаимодействие с данными с масштабированием и панорамированием анимации
• Доступ и загрузка геномов с сайтов QuickLoad
• Преобразование данных в различные графические формы
• Делитесь данными с соавторами через Dropbox
• Установите плагины для дополнительной функциональности

Integrated Genome Browser (IGB) - это программа с открытым исходным кодом, используемая для просмотра и изучения больших наборов геномных данных. Вы можете просматривать различные форматы данных, взаимодействовать с вашими данными, создавать графики, сохранять информацию в виде изображений и делиться своими данными с соавторами.

IGB позволяет просматривать данные из аннотаций и выровненных последовательностей. Программа поддерживает различные форматы, такие как FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband и GenBank. Вы можете взять данные и преобразовать их в различные графические формы, включая графики несоответствия для выделения различий в данных и графики глубины для отображения покрытия. Вы также можете взаимодействовать со своими данными с помощью анимации масштабирования и панорамирования IGB.

IGB позволяет получать доступ и загружать геномы с сайтов QuickLoad, которые представляют собой простые системы каталогов, последовательностей и других файлов данных для целей визуализации. IGB предоставляет расширенные функциональные возможности с поддержкой плагинов для добавления функциональности и автоматизации рабочих процессов с помощью сценариев. IGB также предоставляет расширенные функции для обмена данными, будь то публикация их в виде высококачественных изображений JPEG, PNG или SVG или хранение данных в Dropbox, чтобы предоставить вашим соавторам доступ к вашему проекту.

IGB в основном используется университетскими исследователями, биологами и биоинформатиками. Он предоставляет расширенные инструменты для открытия различных форматов данных генома, визуализации данных в виде различных графиков и обмена данными с соавторами. К сожалению, программа полагается на гранты для дальнейшего развития, а это значит, что поддержка приложения может быть прекращена в любое время. Тем не менее, Integrated Genome Browser по-прежнему является способной, настраиваемой программой для пользователей, желающих изучить и проанализировать данные своего генома.

Поддерживаемые типы файлов

Основное расширение файла

.XML - XML-файл

Другие расширения файлов, используемые Integrated Genome Browser 9

Поддерживаемые типы файлов
.ПОСТЕЛЬ	Файл дорожки аннотации BED UCSC
.DAS	Аналитическая сессия DeltaMaster
.FA	Отформатированный файл последовательности FASTA
.FAS	Файл последовательности FASTA
.FASTA	Файл последовательности FASTA
.GB	Файл данных GenBank
.SGR	Файл данных генома SGR
.USEQ	USeq Genome Data File